1. 板塊不同：滬市只包括主板和B股，而深市則包括主板、中小板、創(chuàng)業(yè)板和B股。

2. 股票代碼不同：滬市主板股票代碼以60開頭，B股代碼以900開頭；而深市主板代碼以000開頭，中小板以002開頭，創(chuàng)業(yè)板以300開頭，B股以200開頭。

3. B股標價不同：滬市B股以美元標價，而深市B股以港幣標價。

4. 交易制度不同：基本交易規(guī)則是一致的，但滬市在收市前最后3分鐘（14:57-15:00）采用連續(xù)競價制度，而深市則采用集合競價制度。舉個例子，由于深市的集合競價，新嘉聯(lián)（股票代碼002188）于2012年5月23日最后3分鐘以跌停價報收。

5. 托管方式不同：滬市采用指定交易，也就是在設(shè)立證券賬戶時需選擇一家證券公司“隨處通買，那買那賣，轉(zhuǎn)托不限”。

6. 股本規(guī)模不同：滬市以大盤藍籌股為主，主要滿足國企上市的政治任務(wù)。而深市則以中小盤為主。