1. 證券交易所所在地：滬市位于上海，深市位于深圳。

2. 市場板塊不同：滬市只有主板和B股，而深市則有主板、中小板、創(chuàng)業(yè)板和B股。

3. 股票代碼也有所不同：滬市的主板股票代碼以60開頭，B股以900開頭；而深市主板股票代碼以000開頭，中小板以002開頭，創(chuàng)業(yè)板以300開頭，B股以200開頭。

4. B股標價模式不同：滬市B股以美元競價，而深市B股以港幣競價。

5. 交易制度不同：雖然兩個市場的基本交易規(guī)則是一致的，但是在交易結(jié)束最后3分鐘（14:57-15:00），交易制度有所不同。滬市是采用連續(xù)競價，而深市則是采用集合競價。

6. 托管方式也有所不同：滬市采用指定交易制度，即在設(shè)置證券賬戶時需要先選擇一家證券公司股民可以在任何地方買賣股票，賬戶轉(zhuǎn)托之間無需受限制。